Zur Prophylaxe zählen alle Maßnahmen, die dazu dienen, eine Beeinträchtigung der Gesundheit durch Risikofaktoren, Krankheiten oder Schäden vorzubeugen. Zu den gängigen prophylaktischen Maßnahmen gehören z.B. Quarantäne von Zukaufstieren, Rein-Raus-Verfahren, Krankenabteil bzw. Isolierung von infektiösen Einzeltieren, Futter- und Trinkwasserhygiene und im Besonderen Impfmaßnahmen.
Strategische Impfungen können einen entscheidenden Beitrag zur Herstellung einer Balance zwischen dem Infektionsdruck im Betrieb, dem Immunsystem der Tiere, dem Management und der Umwelt liefern.